Son funciones del Despacho del Contralor Auxiliar:

1. Asistir al Contralor de Bogotá en la formulación, coordinación y ejecución de las políticas, planes y proyectos, con el fin de lograr los objetivos y metas institucionales.

2. Dirigir y participar en estudios e investigaciones para el mejoramiento de la gestión de la entidad.

3. Dirigir la elaboración de los planes de mejoramiento que sean presentados, como producto de las auditorías externas que se efectúen a la entidad y verificar su cumplimiento.

4. Dirigir y orientar el trabajo a cargo de las Direcciones Sectoriales de Fiscalización y reportar periódicamente al Contralor de Bogotá, D. C., el avance y resultados sobre esta gestión.

5. Dirigir y generar estrategias y modelos de gestión que garanticen la articulación e integración de los procesos de Estudios de Economía y Política Pública con el proceso de Vigilancia y Control a la Gestión Fiscal.

6. Dirigir y orientar la gestión de cooperación Nacional e Internacional.

7. Las demás funciones asignadas que correspondan a la naturaleza de la dependencia.

(Artículo 37 Acuerdo 658 de Diciembre 21 de 2016, Modificado Artículo 11 Acuerdo 664 de Marzo 28 de 2017)